También están aquellos archivos que describen las epidemias que golpearon a la población durante los siglos XVIII y XIX. Santay en aquellas épocas fue un sitio de cuarentena para las flotas que tocaban puerto. Después este lugar se llegaría a convertir en un fondeadero para mantenimiento de las embarcaciones. Entre los contextos más importantes de la historia de la Isla, esta aquella sobre la cual se conoce que el libertador Simón Bolívar, fue a establecerse en ella temporalmente mientras se recuperaba de una enfermedad. Y fue en este lugar donde escribió el tratado de Guayaquil, suscrito el 22 de septiembre de 1829.