Para el siglo XVIII fue ubicada en el predio donde actualmente funciona, pero luego pasó a donde en la actualidad se encuentra el Parque Seminario. Para 1817, la sede del ayuntamiento o casa consistorial fue edificada en el actual predio, en Malecón y 10 de Agosto. En el sitio se firmó el Acta de Independencia de Guayaquil, el 9 de Octubre de 1820. En 1908, el inmueble edificado con madera y teja fue quemado al descubrirse que en la parte subterránea habitaban roedores, que habrían generado la peste bubónica que azotó a la ciudad. Ante esto, nuevamente se cambió la sede del cabildo, que pasó a funcionar en el predio del actual Club de la Unión y en un local en las calles 10 de Agosto y Chile.